Inician plan para secuenciar el SARS-CoV-2 y sus variantes

A través de la red científica impulsada por el Ministerio de Ciencia, laboratorios universitarios, entre ellos la UACh, pusieron en marcha el trabajo para la detección y análisis de las variantes.

Frente a la preocupación por la diseminación de variantes del SARS-CoV-2 -como la variante Delta detectada por primera vez en India, presente en más de 90 países y, según los expertos, más transmisible- las autoridades han buscado fortalecer la vigilancia genómica del virus, con el fin de aumentar la pesquisa y análisis tanto de variantes existentes como de nuevas que puedan surgir.

En este contexto, el Ministerio de Ciencia, Tecnología, Conocimiento e Innovación, articuló una red de universidades desde Antofagasta a Punta Arenas, cuyo objetivo es aumentar la capacidad nacional para secuenciar el SARS-CoV-2. Actualmente, este trabajo es realizado por el Instituto de Salud Pública (ISP) que procesa cerca de 200 muestras semanales, cifra que podría llegar a duplicarse con la colaboración de estos laboratorios de distintas regiones del país. 

El trabajo del primer grupo de 6 universidades con capacidad inmediata para secuenciar, se verá fortalecido con el aporte de las mineras que permitieron la adquisición de insumos y reactivos necesarios para realizar el análisis de muestras.

UNIVERSIDADES

Una de las iniciativas es liderada por la Universidad del Desarrollo (UDD) junto a la Universidad Andrés Bello (UNAB) y la Universidad Austral, quienes recibieron aportes de Anglo American para la compra de los insumos. El aporte de la empresa minera consistió en la entrega de kits para secuenciar (a través de la tecnología Illumina) que permite procesar entre 3 mil y 4 mil muestras, las que serán divididas equitativamente entre las tres universidades.

Gracias a esta colaboración, los equipos científicos ya comenzaron a montar las técnicas de secuenciación y enviarán muestras preliminares al ISP para su validación. Durante los próximos días, las instituciones estarán en condiciones de comenzar a analizar secuencias del Coronavirus de acuerdo a los criterios y protocolos que define el Ministerio de Salud.

El ministro de Ciencia, Andrés Couve, valoró el avance y el compromiso de las instituciones académicas y privadas que han aportado a este plan de aceleración para la secuenciación genómica: “Una vez más las universidades ponen a disposición del país su talento y capacidades para enfrentar la pandemia. Esta red articulada desde el Ministerio de Ciencia, que cuenta con el compromiso de equipos científicos y apoyo del sector privado con USD$500 mil, nos permite acelerar y complementar el trabajo del ISP, potenciando el seguimiento de variantes y desconcentrando el análisis en distintas regiones del país”.

SECUENCIACIÓN

Según explicó Gonzalo Encina, investigador del Instituto de Ciencias e Innovación en Medicina (ICIM) de la UDD, a cargo de estas gestiones, el proceso comienza con la recepción de muestras de casos positivos de COVID-19. Posteriormente, se realiza la extracción del ARN del virus y se comienza con la preparación de lo que se conoce como ‘librerías de secuenciación’. “Este es un proceso crítico para el éxito de la secuenciación y requiere de insumos específicos que permiten convertir el ARN del virus a ADN y agregarle marcas específicas al ADN viral de cada paciente para diferenciar las secuencias de cada virus, ya que los instrumentos de secuenciación permiten procesar 48 muestras simultáneamente. Con 48 muestras se asegura la buena calidad de las secuencias”.

En este sentido, añadió que “las PCR nos dicen si hay virus o no. Lo que hacemos con la secuenciación es ‘un zoom’ a la muestra y leer cada letra del genoma viral, lo que permite identificar todas las variantes, las ya conocidas y también cualquier otra variante nueva que pueda aparecer”.

En una primera etapa preliminar, las secuencias de 10 muestras virales se enviarán al ISP para su validación, quien certifica la buena calidad de la técnica empleada y permitiría a las instituciones comenzar a secuenciar de manera sostenida y sistemática.

Para Encina, es fundamental contar con la tecnología para la secuenciación genómica del Coronavirus, “pues esto no sólo permite detectar variantes que estén circulando o hayan ingresado a nuestro país, sino que también descubrir nuevas variantes que puedan ir surgiendo”, aseguró.

En esta misma línea opinó José Ignacio Méndez, gerente de Salud de Anglo American: “Para nosotros, participar en este proyecto a través de la donación de kits de secuenciación a estas tres universidades, constituye una oportunidad para apoyar al Ministerio de Salud a mejorar la capacidad de secuenciación genómica en nuestro país y, de esta manera, establecer un sistema de vigilancia robusto y descentralizado. Por otra parte, nos permite colaborar con la academia y aportar al desarrollo del conocimiento. En la medida que más se realice secuenciación en nuestro país, mejor entenderemos el comportamiento de la pandemia, conoceremos las cepas más relevantes y podremos prepararnos adecuadamente para responder a esta emergencia de salud pública”.

En tanto,  Cecilia Vial, investigadora UDD y parte del equipo encargado de realizar secuenciación en los laboratorios del ICIM, se refirió a la importancia de la relación entre las empresas y las universidades, pues “si bien contamos con la expertise y el equipamiento, se trata de insumos y tecnologías complejas y caras, por lo que este aporte privado es un acelerador para poder entrenar al personal y poner a punto la técnica, de manera de poder certificarse ante el ISP y estar listos para entregar resultados de calidad apenas se firmen los convenios para participar de la Red de Vigilancia Genómica impulsada por el MINSAL que dará continuidad a la iniciativa”.

Agregó que, “de esta forma, el aporte de estas empresas va a aumentar rápidamente la capacidad de secuenciación, permitiendo tener más información de los coronavirus circulantes en el país, lo cual es importantísimo en este punto de la pandemia en que vemos el surgimiento de nuevas variantes”.